重慶時時彩開獎× Genomics技术及优缺点

小编之前已经跟大家简单介绍过了单细胞转录组测序的一些相关知识,并提到了在单细胞转录组前期,主要依赖三种方法:SMART-seq2技术、10×genomics技术及Andeplete技术。  现在就跟大家详细介绍一下其中10×genomics单细胞转录组测序技术以及单细胞转录组测序优缺点。

 

10x Genomics单细胞技术

 

ChromiumTM Single Cell 3′ Solution是基于10 X Genomics平台,能够一次性分离、并标记500–10000个单细胞,并能在单细胞水平进行检测的技术,其通过微流控系统,将单细胞或长片段DNA分子快速分配到油包水的微反应体系中,每个微反应体系中的单DNA分子会获得唯一的特异性分子标签,制备生成的测序文库可以在illumina平台进行测序,并由10x Genomics提供数据分析及可视化软件,测序实验及分析流程可以和illumina系统无缝衔接。该平台广泛应用于3’单细胞转录组测序、基因组组装应用、免疫组库测序、ATAC-seq、人全基因组及全外显子组测序。

10x Genomics单细胞转录组测序有效地解决了组织样本无法破解的细胞异质性难题,有助于发现新的细胞类型;并基于大量的单细胞基因表达数据,可以提供细胞表达特征聚类、亚群表达特征的分析、标志物筛选等方面的分析,是一种高效的单细胞基因表达水平检测技术。

 

10x Genomics单细胞转录组测序优缺点

 

10x Genomics单细胞转录组测序优点

1、简单便捷:集单细胞分选、扩增、建库于一体;
2、细胞通量高:每个样本细胞数可达500-10000个;
3、建库周期短:1天可完成细胞悬液制备、单细胞捕获、扩增及建库;
4、超高捕获效率:单细胞捕获效率高达65%;
5、真正意义的单细胞:单个液滴捕获到多个细胞的概率极低(0.9%/1000cells);
6、价格实惠:相较于其它单细胞平台,价格实惠。

10x Genomics单细胞转录组测序缺点

1、非全长信息:只能获得3’端转录本信息;
2、样本要求高:单个样本细胞起始量达10^5-10^6个,活细胞数目需超过80%,建议在90%以上最佳。
 

10x Genomics单细胞转录组测序流程

 

单细胞悬浮液制备

细胞质检

10 X genomics 标记

cDNA 片段化

文库构建

Illumina 测序

数据分析

单细胞样本检测

将样本制成单细胞悬浮液,重慶時時彩開獎手机版用Countess® II Automated Cell Counter 进行细胞计数和细胞活率测定,细胞活性高于80%,并将细胞浓度调整到理想浓度(1000个/μL)。

实验流程

1)将制备好的单细胞悬浮液与含有barcode信息的凝胶珠以及酶的混合物结合,然后在微流体“双十字”中进行液滴包裹,从而形成GEMs(Gel Bead-In-EMulsions),有效GEMs中包含胶珠(胶珠中有预制的10x引物)、单细胞、和Master Mix。然后,在GEMs内进行细胞裂解和逆转录反应。有效GEMs中,10X Barcode将与cDNA产物连接在一起,接下来再将GEMs破碎并打碎油滴,以cDNA为模板进行PCR扩增,cDNA扩增完成以后,针对扩增产物进行质检(扩增片段大小以及扩增产物的产量)。

2)扩增产物质检合格以后,进行测序文库的构建。首先利用化学方法将cDNA打断成200-300bp 左右的片段,cDNA片段化、末端修复和加A,进行cDNA片段筛选,P7 Adaptor接头连接并通过PCR扩增引入样品Index,最后进行片段筛选从而得到cDNA文库。

3)文库完成以后进行库检,库检合格以后,利用Illumina测序平台进行测序,获得测序数据,并进行后续的数据分析。

 

10x Genomics 单细胞转录组测序应用方向

 

核心:细胞群体的划分与细胞群体间差异表达基因的检测

多种细胞类型:

组织类细胞、免疫细胞、血液细胞、癌组织细胞、神经类细胞等

 广泛应用方向:

免疫方向

肿瘤方向

病理分型

干细胞方向

发育生物学:神经、脑、胚胎等

细胞图谱绘制

……


10x Genomics作为单细胞领域的后起之秀,巧妙使用了Barcoding(条形码)和Microfluidics(微流体)技术,在单细胞分离、扩增原理上具有明显的优势。为科研需要提供了高质量的技术支持,如果大家想要了解关于10x Genomics 单细胞技术的更多内容,可与我们公众号联系,随时恭候您的大驾光临哦~~~

 

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